ویروس کرونا: محققان در حال توسعه نرم افزار ردیابی متنوعی هستند
تورنتو – با ادامه شیوع انواع بسیار مسری COVID-19 در سراسر جهان ، محققان کانادایی از جمله کسانی هستند که بیش از 300000 نسخه ویروس را ردیابی کرده اند.
محققان دانشگاه انتاریو غربی یک برنامه وب جدید به نام Covizu ایجاد کرده اند که به صورت بصری همه جهش های ویروس را به روشی روشن و دلپذیر ارائه می دهد.
این پلت فرم یک پروژه منبع باز است که هدف آن تجسم تنوع جهانی ژنوم های SARS-CoV-2 است. داده ها توسط کمک جهانی نظارت بر آنفولانزا (GISAID) ، یک ابتکار علمی جهانی که دسترسی آزاد به داده های ویروس ژنومی در زمان واقعی را فراهم می کند ، ارائه شده است.
محققان در سراسر جهان به طور روزانه اطلاعات مربوط به این جهش ها را جمع آوری می کنند و تاکنون بیش از 300000 نسخه ژنتیکی منحصر به فرد از ویروس COVID-19 را شناسایی کرده اند که در دسته هایی قرار می گیرند که به عنوان جنس یا گونه توصیف می شوند. این خط نشان دهنده جهش های ایجاد شده از یک جد مشترک است و انواع مختلف آن به سویه جهش یافته ویروس اشاره دارد.
کاربران می توانند داده ها را با نمونه فیلتر کنند تا درک روشنی از هر جهش ویروس به روشی کاربرپسند بدست آورند.
آرت پون ، دانشیار دانشگاه وسترن و توسعه دهنده اصلی CoVizu ، در یک بیانیه مطبوعاتی گفت: “آنچه در تلاش هستیم انجام دهیم ارائه تخمینی از نحوه انتقال ویروس است.”
با ردیابی تمام این تغییرات ، برنامه وب تجارب تعاملی داده ها و جهش ها را در زمان واقعی فراهم می کند. این پلت فرم به طور خلاصه زمان و مکان شیوع را نشان می دهد و با انتقال ویروس در سطح جهانی ، کاربران می توانند بین خطوط مختلف حرکت کنند.
هر نام ویروس مختلف به روش انتخاب می شود و از رشته ای از حروف و اعداد مشتق شده است که نشان دهنده هر خط منحصر به فرد ویروس است.
پون گفت: “ما همچنین بلافاصله فهمیدیم كه داده های زیادی وجود دارد كه ما باید راهی داشته باشیم تا مصرف كنندگان بتوانند آنها را به روشی معنی دار جستجو كنند.”
پون و تیم محققان وی بیش از نیم میلیون نمونه ویروس از سراسر جهان را جمع آوری کردند و داده ها را به نمودار تصویری درخت تبدیل کردند. هر خط افقی نمودار نشان دهنده یک یا چند نمونه از SARS-CoV-2 است که توالی ژنومی یکسانی دارند.
امانوئل وونگ ، دانشجوی کارشناسی ارشد به سرپرستی پون گفت: “یک قسمت اساسی این پروژه دسترسی و اطلاعاتی بودن این داده ها است تا یک فرد متوسط بتواند به آن نگاه کند و درک کند که اعداد برای آنها چه معنی دارد.”
“آنچه انجام می دهد این است که به مردم اجازه می دهد این گزینه ها را بررسی کنند و بفهمند که چگونه به اینجا رسیده اند و از کجا آمده اند.”
این دانشگاه امیدوار است که داده های آن به محققان در درک بهتر سویه های COVID-19 بدون ایجاد انگ برای مکان ها یا افراد مرتبط با آنها کمک کند.
از نظر تاریخی ، این بیماری ها به دلیل منشا آنها نامگذاری می شدند ، اما دانشمندان اخیراً سعی کرده اند از زبان منسوخ دور شوند.
اصطلاحاتی مانند “نسخه انگلستان” و “نسخه برزیل” اغلب توسط دولت ها و سازمان های رسانه ای برای توصیف جهش ها استفاده می شود ، اما برخی نگرانند که این منجر به نژادپرستی یا امپریالیسم شود.
پون گفت: “CoVizu در تلاش است تا ابزار دیگری را در مجموعه ابزارهای ما برای درک تنوع ژنتیکی این ویروس ها ارائه دهد.”
“ما می دانیم که اپیدمیولوژی ژنومی مهم است و در دسترس بودن این داده ها مهم است ، زیرا این واقعیت که ما می توانیم انواع نگرانی را مشاهده و شناسایی کنیم از طریق به اشتراک گذاری داده ها امکان پذیر است.”